GNU Linux-libre nuo įprasto Linux branduolio skiriasi pašalinta nesvobodąja programine įranga
GNU Linux-libre nuo įprasto Linux branduolio, kurį skelbia kernel.org, skiriasi tuo, kad iš jo pašalinami nesvobodieji programinės įrangos fragmentai. Įprastame Linux branduolyje tokia programinė įranga gali būti palikta išeities medžio viduje arba jos gali būti prašoma iš disko.
GNU Linux-libre paima tą pačią Linux versiją ir FSFLA scenarijais pašalina nepermatomus fragmentus, išjungia tokių failų užklausas ir pataiso dokumentaciją.
Dėl to dalis Wi-Fi adapterių ir vaizdo plokščių neatlieka funkcijų, kurioms reikia tokios programinės įrangos.

